…εσείς το ξέρατε;
«Επανάσταση στην Κούβα… Ερνέστο Τσε Γκεβάρα»
Στα τέλη Σεπτεμβρίου του 1954, ο Γκεβάρα ταξίδεψε στο Μεξικό, που αποτελούσε κοινό προορισμό εξόριστων Λατινοαμερικανών, από χώρες όπως το Πουέρτο Ρίκο, το Περού, η Βενεζουέλα, η Γουατεμάλα και η Κούβα. Στην πόλη του Μεξικού, συνάντησε τον Κουβανό εξόριστο Νίκο Λόπες, γνώριμό του από την περίοδο της παραμονής του στη Γουατεμάλα, ενώ επανασυνδέθηκε και με την Ίλδα Γκαδέα. Προκειμένου να συντηρείται οικονομικά, εργάστηκε ως γιατρός και ως φωτογράφος, εν μέσω πολλαπλών επαγγελματικών κρίσεων και οικονομικών προβλημάτων που αντιμετώπισε κατά διαστήματα. Το καλοκαίρι του 1955, ήρθε σε επαφή με τον αδελφό τού Φιδέλ Κάστρο, Ραούλ, από τον οποίο πληροφορήθηκε την επικείμενη άφιξη του Κάστρο στο Μεξικό. Στις αρχές Ιουλίου του 1955, o Γκεβάρα συνάντησε για πρώτη φορά τον Φιδέλ Κάστρο, o οποίος ήταν αρχηγός των “Moνκαντίστας”, και είχε καταφύγει στο Μεξικό μετά την αποφυλάκισή του, αποτέλεσμα της χάρης που του δόθηκε από τον Μπατίστα. Την πρώτη συνάντησή τους ακολούθησαν πολυάριθμες συναντήσεις και συζητήσεις γύρω από την πολιτική κατάσταση στη Λατινική Αμερική και το ενδεχόμενο της οργάνωσης μίας επανάστασης ενάντια στη δικτατορία του Μπατίστα. Την ίδια περίπου περίοδο, η Γκαδέα του ανακοίνωσε πως ήταν έγκυος και ο Γκεβάρα της πρότεινε γάμο, ο οποίος τελέστηκε τελικά στις 18 Αυγούστου 1955, στο ληξιαρχείο του μεξικανικού χωριού Τεποτσοτλάν.
Πεπεισμένος πως ο Κάστρο είχε τις προϋποθέσεις να αποτελέσει έναν χαρισματικό ηγέτη της κουβανικής επανάστασης, ο Γκεβάρα συμμετείχε στο κίνημα της 26ης Ιουλίου, με στόχο την ένοπλη δράση για την ανατροπή του κουβανικού καθεστώτος. Ο Γκεβάρα συμφώνησε να τους συνοδεύσει με την ιδιότητα του γιατρού, ωστόσο έλαβε κανονικά μέρος στην στρατιωτική εκπαίδευση των ανταρτών, το βασικό στάδιο της οποίας ξεκίνησε στις αρχές του 1956, υπό τις οδηγίες του Μεξικανού παλαιστή Αρσάνιο Βαγένας σε ζητήματα εκγύμνασης και αυτοάμυνας, καθώς και του πρώην συνταγματάρχη του Ισπανικού Δημοκρατικού Στρατού, Αλπέρτο Μπάγιο. Στα απομνημονεύματα του Μπάγιο, πληροφορούμαστε πως ο Γκεβάρα επέδειξε μεγάλη θέληση κατά τη διάρκεια της εκπαίδευσης, αποτελώντας τον καλύτερο μαθητή του. Την ίδια περίοδο, θεωρείται πιθανό πως απέκτησε το παρωνύμιο Τσε (Che), εξαιτίας της συχνής χρήσης της λέξης che (φίλος ή και επιφώνημα: Ε εσύ!) που έκανε ο ίδιος μιλώντας, έκφραση που αν και είχε εισαχθεί στη γλώσσα των Αργεντινών, φαινόταν αστεία στους Κουβανούς. Στις 25 Νοεμβρίου του 1956, 82 επαναστάτες, μεταξύ αυτών και ο Τσε Γκεβάρα, ταξίδεψαν με το πλοιάριο Granma, από τον ποταμό Τούξπαν του Mεξικoύ με προορισμό την Κούβα, στην οποία έφθασαν τελικά στις 2 Δεκεμβρίου. Κατά την απόβασή τους, δέχθηκαν επίθεση από τα στρατεύματα του καθεστώτος, από την οποία επέζησαν 15-20 αντάρτες που κατάφεραν να ανασυνταχθούν και να καταφύγουν στα βουνά της Σιέρρα Μαέστρα. Με σημείο εκκίνησης την επίθεση αυτή, ο ρόλος του Τσε Γκεβάρα στον ανταρτοπόλεμο διαφοροποιήθηκε σταδιακά, αντιλαμβανόμενος o ίδιος όλο και λιγότερο ως μοναδικό καθήκον του την ιατρική συμπαράσταση, και λαμβάνοντας ενεργό μέρος στις ένοπλες δραστηριότητες των επαναστατών. Η αποφασιστικότητά του και οι ικανότητές του, σύντομα οδήγησαν στην άνοδό του στην ιεραρχία του αντάρτικου σώματος, κερδίζοντας τον σεβασμό των υπολοίπων ανταρτών, χωρίς να απουσιάζει και το αίσθημα του φόβου που προκαλούσε ενίοτε η σκληρότητά του, υπεύθυνος ο ίδιος για εκτελέσεις ανταρτών που λειτουργούσαν ως πληροφοριοδότες του κουβανικού καθεστώτος. Υπήρξε ο πρώτος αντάρτης στον οποίο δόθηκε το αξίωμα του Κομαντάντε του Επαναστατικού Στρατού της Κούβας, στις 21 Ιουλίου 1957. Αν και μέχρι τότε αποτελούσε έναν απλό οπλίτη, χωρίς να έχει διακριθεί ιδιαιτέρως σε στρατιωτικό επίπεδο αλλά έχοντας επιδείξει γενναιότητα και αρχηγικές δεξιότητες, ο Κάστρο του εμπιστεύτηκε την ηγεσία της Δεύτερης Φάλαγγας του αντάρτικου στρατού (για λόγους παραλλαγής έφερε τον αριθμό 4), έχοντας έτσι μόνο τον Κομαντάντε εν Σέφε Φιδέλ Κάστρο ως ανώτερό του. Η μεγαλύτερη ίσως στρατιωτική επιτυχία του Τσε Γκεβάρα υπήρξε η κατάκτηση της Σάντα Κλάρα στις 29 Δεκεμβρίου 1958, μία καθοριστική στιγμή στην ιστορία της κουβανικής επανάστασης. Είχαν προηγηθεί δύο χρόνια ανταρτοπόλεμου στην Σιέρρα Μαέστρα εναντίον του πολύ μεγαλύτερου στρατού του Μπατίστα, o οποίος δεχόταν και την υποστήριξη των Ηνωμένων Πολιτειών. Με την κατάκτηση της Σάντα Κλάρα, ο δρόμος για την πρωτεύουσα Αβάνα ήταν πλέον ελεύθερος και την 1η Ιανουαρίου του 1959, ο δικτάτορας Μπατίστα εγκατέλειψε την Κούβα, με προορισμό την Δομινικανή Δημοκρατία. Την μάχη στη Σάντα Κλάρα ακολούθησαν και άλλες σημαντικές πολεμικές συγκρούσεις, πριν την τελική επικράτηση των ανταρτών.